Grundlage des Wildbienen-Katasters ist das Datenbankmanagementsystem Entomon, welches von Rainer Prosi entwickelt und speziell für die Artengruppe Wildbienen angepasst wurde.

Der verwendete Artenkatalog richtet sich nach dem Stand der Checkliste der Wildbienen Deutschlands (Scheuchl & Schwenninger 2015). Diese Liste wird von der Kommission zur Taxonomie der Wildbienen des AKWK kontinuierlich aktualisiert und kann als Download heruntergeladen werden.

Neben den wissenschaftlichen Bienennamen enthält die Checkliste-Datei auch ein Verzeichnis deutscher Namen. Diese genießen zwar keinen nomenklatorischen Schutz, sollen aber dazu beitragen, dass Akzeptanz und Popularität der Wildbienen in der Öffentlichkeit gefördert werden.

Jedes erfasste Belegtier wird mit einem Identifizierungscode etikettiert, so dass die in die Datenbank aufgenommenen Exemplare unzweifelhaft zuzuordnen sind.
Die Qualität der im Wildbienen-Kataster erfassten Daten wird durch kontinuierliche Kontrollen durch die Spezialisten des AK Wildbienen-Kataster (Überprüfung von Belegtieren, Plausibilitätskontrolle von Meldungen) sichergestellt.

Auch Meldungen von beobachteten Arten ohne Belege, welche im Gelände eindeutig zu identifizieren sind, sowie glaubhafte Literaturdaten (mit Quellenangabe) werden übernommen. Bei schwierig zu bestimmenden Arten oder bei fragwürdigen Meldungen werden die Datensätze erst nach Überprüfung der Belegtiere eingegeben.

Weiterhin werden Beobachtungen zum Blütenbesuch (Pollen sammeln, Nektar saugen) oder zum Nistverhalten in die Datenbank eingegeben.

Das Datenbankmanagementsystem ist auf folgenden Windows-Betriebssystemen (95, 98, ME, NT, 2000 und XP) ohne zusätzliche Programme direkt nutzbar, darüber hinaus können Datenbankstruktur und Daten jederzeit in Formate anderer Datenbanken wie z. B. Access, Excel, Mysql oder Oracle mit geringem Aufwand portiert werden.

Da nicht alle Arbeiten am Wildbienen-Kataster ehrenamtlich durchgeführt werden können, erhielt das Projekt durch die Stiftung Naturschutzfonds beim Ministerium für Ernährung und Ländlichen Raum Baden-Württemberg eine einmalige finanzielle Förderung.